Tháng 7-1884, sau khi vua Kiến Phúc đột ngột qua đời, triều đình tôn Hàm Nghi lên ngôi. Khâm sứ Pierre Paul Rheinart thấy Nguyễn Văn Tường và Tôn Thất Thuyết tự tiện lập vua, không hỏi ý kiến đúng như đã giao kết nên gửi quân vào Huế bắt Triều đình nhà Nguyễn phải xin phép. Rheinart gửi công hàm cho triều đình Huế rằng:

Nguyễn Văn Tường và Tôn Thất Thuyết phải làm tờ xin phép bằng chữ Nôm nhưng viên Khâm sứ không chịu, bắt làm bằng chữ Hán. Hai ông phải viết lại, viên Khâm sứ mới chịu và sau đó đi cửa chính vào điện làm lễ phong vương cho vua Hàm Nghi. Công việc đầu tiên mà vua Hàm Nghi phải thủ vai, dưới sự hướng dẫn của Tôn Thất Thuyết là tổ chức đón phái đoàn Pháp từ Tòa Khâm sứ ở bờ Nam sông Hương sang điện Thái Hòa làm lễ tôn vương cho nhà vua. Đây là thắng lợi mà phe chủ chiến của triều đình Huế đã đạt được trong việc bảo vệ ngai vàng của Hàm Nghi; còn đối với người Pháp thì sau những yêu sách, đòi hỏi bất thành, họ đành phải nhân nhượng để tránh thêm những rắc rối mới bằng cách chấp nhận một sự việc đã rồi.

Lúc 9 giờ sáng ngày 17 tháng 8 năm 1884, phái đoàn Pháp gồm Đại tá Guerrier, Khâm sứ Rheinart, Thuyền trưởng Wallarrmé cùng 185 sĩ quan binh lính kéo sang Hoàng thành Huế. Guerrier buộc triều đình Huế phải để toàn bộ quân Pháp tiến vào Ngọ Môn bằng lối giữa, là lối chỉ dành cho vua đi, nhưng Tôn Thất Thuyết nhất định cự tuyệt. Cuối cùng chỉ có 3 sứ giả được vào cổng chính, còn lại các thành phần khác thì đi cổng hai bên. Cả triều đình Huế và phái đoàn Pháp đều mang tâm trạng không vừa lòng nhau, nhưng buổi lễ thọ phong cuối cùng cũng kết thúc êm thấm. Lúc phái đoàn Pháp cáo từ, Tôn Thất thuyết đã ngầm cho quân lính đóng cửa chính ở Ngọ Môn lại nên đoàn Pháp phải theo hai lối cửa bên để về. Nhìn nhận về sự kiện này, Marcel Gaultier đã viết:

Năm sau 1885, Thống tướng de Courcy được Chính phủ Pháp cử sang Việt Nam để phụ lực vào việc đặt nền bảo hộ. Tướng de Courcy muốn vào yết kiến vua Hàm Nghi nhưng lại muốn là toàn thể binh lính của mình, 500 người, đi vào cửa chánh là cửa dành riêng cho đại khách. Triều đình Huế xin để quân lính đi cửa hai bên, chỉ có các bậc tướng lĩnh là đi cửa chánh cho đúng nghi thức triều đình, nhưng de Courcy nhất định không chịu.